पुलवामा आतंकी हमले की जमीअत उलेमा-ए-हिन्द के साथ-साथ तमाम मुस्लिम जमाअतों ने इसकी निंदा की है. साथ ही इन जमाअतों ने ऐलान किया है कि आज जुमा की नमाज़ में शहीद सैनिकों के लिए दुआ-ए-मग़फ़िरत की जाएगी. जमीअत उलेमा-ए-हिन्द एवं दारूल उलूम देवबंद के उस्ताद मौलाना सैय्यद अरशद मदनी ने इस आतंकी हमले की निंदा करते हुए कहा है कि ये बहुत ही दर्द पहुंचाने वाला हादसा है.  ऑल इंडिया इमाम ऑर्गनाईज़ेशन के अध्यक्ष इमाम उमैर अहमद इलियासी ने इस आतंकी हमले की कड़ी निंदा करते हुए कहा कि इस्लाम में आतंकवाद के लिए कोई जगह नहीं है, इसलिए इसकी जितनी निंदा की जाए, कम होगी. आईएसआईएस, जैश मुहम्मद, अलक़ायदा या फिर जो भी आतंकी संगठन हैं, इनका इस्लाम से कोई लेना-देना नहीं है.  क़ौमी महाज़ के अध्यक्ष ने कहा कि अब वक़्त आ गया है कि मुल्क के मुसलमान आंतकवादियों के ख़िलाफ़ जिहाद का ऐलान कर दें. जो जवान शहीद हुए हैं, इनके साथ पूरा मुल्क है, पूरी मिल्लत है, हम इनके परिवारों के साथ हैं.  इसके साथ ही कई मुस्लिम संगठनों ने ऐलान किया है कि आज जुमा की नमाज़ में देश के लिए शहीद सैनिकों के लिए दुआ-ए-मग़फ़िरत की गयी।